Sorunu kendim çözdüm. Başkalarına da faydalı olabilir. Sorun Microsoft mail hesaplarının hepsinden yani @outlook.com, @live.com, @hotmail.com vb. ile Mac Mail'de oluşuyor. Problem özellikle eski mail hesaplarında Inbox'ta çok fazla mail bulunmasıyla alakalı. @outlook.com hesabımda yeni bir klasör oluşturup son bir yıldan önceki maillerin hepsini o klasöre kopyaladıktan sonra artık mailler Mac'teki Mail uygulamama iniyor. Hem Inbox maillerimi hem de eski maillerimi koyduğum diğer klasöre.