Applications klasörü kullanıcılardan dolayı 2 adettir. Bir tanesi tüm kullanıcıların kullandığı programları içerir ve root dizinindedir (/Applications), diğeri de sizin kullanıcı klasöründe sadece size ait uygulamaların olduğu klasördür (~/Applications). Türkçelemeden dolayı root dizinindekinin ismi Uygulamalar olarak değişir ama bize ait dizinde (Ev dizini) eski ismi ile kalır. (Belki yeni bir güncelleme ile Uygulamalar ismini alabilir, bilemem.)
Program silmek için AppCleaner uygulamasını öneririm. Bazı artık dosyalarıda temizler ama yine de %100 çözüm değildir. Bu konunun içeriği baya uzun olduğu için burada izah etmem zor. Belki Sihirli Elma'da yeni bir makale ile anlatılacaktır.