Time Machine sizin bilgilerinizi özel bir durum olmadıkça silmez. Yani söylediğiniz gibi bir senkronizasyon mantığında çalışmaz.
Ancak diskinizde yer kalmadıysa, yenisine yer açmak için en eski yedeklemenizi siler, bunu da size haber verir.
Mac'inizden sildiğiniz dosyalara Time Machine'den ulaşmak için bir veya birkaç önceki yedeklemenize göz atmanız gerekir. Nasıl yapacağınıza şuradan ulaşabilirsiniz:
http://www.sihirlielma.com/2012/12/31/mac-yedekleme-time-machine/