Yanlış hatırlamıyorsam, muzikleri silmek istediğinizde, kütüphaneden mi silinsin yoksa hem kütüphaneden hem de diskten mi silinsin diye soruyordu. Siz sanırım sadece kütüphaneden silmişsiniz. Kurtulmanız gereken parçaların hangileri olduğunu biliyorsanız, onları çöpe atmanız yeterli olacaktır. Bilmiyorsanız ve/veya tesbit etmekle uğraşmak istemiyorsanız nette bunu yapan küçük bir uygulama buldum:
http://dougscripts.com/apps/tracksiftapp.php
Bir de aşağıdaki linkte bununla ilgili başka öneriler var:
https://discussions.apple.com/thread/2803434