.cbr formatını ilk defa duydum, öncelikle ne olduğunu da paylaştığınız için teşekkür ederim. :)
Sorunuzdan anladığım kadarıyla, ".rar" dosyalarını StuffIt ile, ".cbr" dosyalarını da Sequential ile açmak istiyorsunuz, ancak bu iki uygulama da her iki dosyayı birden açmak için devreye giriyor.
StuffIt ayarlarında "belirli dosya uzantılarını sahiplenme/açma" gibi bir seçenek olabilir mi?
Ya da alternatif olarak şuradaki yöntemi deneyebilirsiniz:
http://www.sihirlielma.com/2011/12/26/belgeleri-sununla-ac/
Fakat diğer uygulama çalıştığında yeniden dosya uzantılarını kontrolüne almaya çalışabilir...