Temiz yükleme yaptıktan sonra bütün 3. parti uygulamalarınızı tekrar yüklemek zorunda kalırsınız. Ayrıca, gerek sistem ile ilgili gerekse uygulamalar ile yaptığınız ayarları, tercihleri tekrar yapmak zorunda kalırsınız. Hepsini daha önce nasıl yaptığınızı kesin olarak hatırlamanıza da imkan yok. Ay ben bunu böyle ayarlamıştım ya ben bunu önceden şöyle yapmıştım şimdi niye böyle oldu der durursunuz. OS X yükleyicisi zaten bir önceki işletim sisteminden kalan gereksiz cache dosyalarını siliyor. Ben şimdye kadar hiç temiz yükleme yapmadım hiçbir zararaını da görmedim. Ama tabi ki tercih meselesi, bütün 3. parti uygulamalarını tekrar yüklemek, ayarlarını tekrar yapmak isteyen ve buna zamanı olanlar temiz yükleme yapabilirler.